房地合一課徵所得稅上路多年，國稅局提醒民眾，在取得日認定、成本或費用計算等規定上，常有納稅義務人申報錯誤，提醒民眾，個人出售適用房地合一課徵所得稅的房地時，無論是交易所得或損失，都必須留意申報期限及相關規定，以免逾期申報或遭剔除補稅。
財政部中區國稅局表示，房地合一新制上路後，個人交易2016年1月1日以後取得的房屋、土地，或2014年1月2日後取得且持有期間在二年以內的房屋、土地，必須在完成移轉登記日次日起算30日內，辦理個人房屋土地交易所得稅申報。
財政部台北國稅局表示，許多民眾對於新舊制適用規定較不清楚，像是地主參與都更分回房地，之後要轉售出去，該如何認定適用稅制？國稅局表示，取得日以所有權移轉登記日為準，並依持有期間適用不同稅率。
舉例來說，甲君名下土地在1997年取得，他以這塊土地參與都更，並在2017年8月1日分回房屋、2018年3月1日出售。由於土地取得時間適用舊制，因此免納所得稅；但房屋所有權移轉登記日適用新制，必須依房屋持有時間認定稅率，甲君持有時間超過十年，因此房屋交易所得按15%稅率申報。
中區國稅局表示，除了取得日認定，也有許多納稅人在計算成本或費用時搞錯。官員舉例，像是繼承或受贈取得房地，部分民眾會將買入價格當作取得成本，但正確的做法應是依據繼承、受贈時的房屋評定現值及公告土地現值，依消費者物價指數調整後作為取得成本。
此外，部分納稅人將水電瓦斯費用、房屋稅、地價稅等列為費用減除，但依規定，只有出售房地時所支付的必要費用，例如仲介費、廣告費等，才可減除。